持续在世界各地进行修业之旅的小智、小刚和小光，历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。 小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。 小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾..

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧..

好朋友洋武因病退学，无法参加毕园典礼。 与他同在朝阳幼儿园紫罗兰组的康娜、拓实、美琴、俊佑、优衣偷偷溜出幼儿园，从新宿搭上了开往高尾的中央线列车，去寻找他们的好朋友。 他们在换乘站不慎和优衣失散，还遭遇了会把人变成玉米的流浪汉..